Actualmente la ESAY cuenta con tres centros de investigación: el Centro Regional de Investigación, Documentación y Difusión Musicales “Gerónimo Baqueiro Fóster” (CRIDDM), el Centro de Investigaciones Escénicas de Yucatán (CINEY) y el Centro de Investigación de la Licenciatura en Artes Visuales (CILAV).