En la ESAY entendemos las labores de investigación como una de las condiciones que posibilita mayores niveles de conocimiento tanto entre los alumnos como en los maestros, al igual que entre todos aquellos interesados ajenos a la ESAY que así lo deseen.
Actualmente la ESAY cuenta con dos centros de investigación: el Centro Regional de Investigación, Documentación y Difusión Musicales “Gerónimo Baqueiro Fóster” (CRIDDM) y el Centro de Investigaciones Escénicas de Yucatán (CINEY).